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化合物立体模型
有机化学教纲一般要求是能准确区分和画出化合物的构型、构象和立体异构。这实质包含二维(2D)、三维(3D)的空间概念，传统的讲授方法不但让学生感觉枯燥，而且不易在头脑中建立相应的模型和概念。MS不仅能绘制化合物的2D或3D分子结构模型，直观表达不同的异构体变化，还可以借助其携带的计算模块获得分子的空间构型、键长、键角和扭转角等参数。因此借助 MS 软件，可以轻易绘制和演示一些结构复杂的有机分子，例如呈锯齿状的高级脂肪烃、C60、有机分子晶体等等(图1)。这些立体模型生动形象、立体感强，有利于教学展示和促进学生理解化合物的真实结构。
电荷、分子轨道与能量计算
有机化学反应的本质是极性共价键的断裂与生成，因此了解各种共价键的属性是有机化学研究的重要内容。MS软件通过建模、优化分子结构，选择合适的模块和算法，并在Properties中勾选Band structure，Electron density和Orbital，计算分析后可以直观地展示化合物的能带结构、电荷密度分布以及HOMO与LUMO分子轨道，如图2所示，帮助研究工作者快速确定化学反应的活性位置以及反应机理走向，促进学生理解一些教学重点和难点，例如芳香烃的亲电取代定位规则以及前线轨道理论等。
波谱性质计算
波谱性质是有机物结构鉴定和应用的基础，有机化学教学一般要求本科生掌握基本的四大谱，即红外、核磁、紫外和质谱，为更高阶段的学习 和 科 研 做 好 准 备 。MS软件中Dmol3和CASTEP模块都可以计算化合物波谱性质。在此以Dmol3计算4-氨基苯甲酸的红外光谱为例介绍整个计算与分析过程，Calculate里设置参数，任务选Geometry Optimization，Properties 中勾选 fre-quency，计算成功后出现.xsd 文件。在Tool 里选择Vibrational Analysis，点图3(a)中的Caculation按钮，然后点击下方的Animation/Grid/Spectrum3个按钮可以分别得到基团振动的动态演示、频率-强度数据和模拟光谱，如图3(b) ～(d)所示。图3 Dmol3计算红外光谱。(a)振动分析窗口；(b)频率-强度数据；(c)基团振动的动态演示；(d)模拟光谱。
反应机理与过渡态计算
反应机理是有机化学教学中的重点和难点，熟练掌握各种反应机理有助于更深入理解和运用各种有机化学反应。随着科学研究的不断发展，新的反应不断出现，探究这些未知反应的机理是必须面临的重要科学问题。MS软件功能强大，除了可以进行几何优化、单点能与分子振动频率计算外，还能帮助寻找过渡态，建立正确的反应机理，方便学生掌这些反应的动态历程。以有机化学中常见的酮和烯醇式互变异构为例，计算过程一般包含以下步骤：(1)创建反应物(烯醇)和产物(酮)的构型并优化；(2)寻找对称原子，将酮和烯醇式中所有C/H/O原子配对；(3)创建、计算反应路径并寻找过渡态，真实的过渡态结构反映在频率计算上就是一个虚频(负值)；(4)优化过渡态结构(图4)。
结论与展望
MS计算软件在有机化学课堂教学中的引入和使用，丰富了教学形式和教学手段。一方面，通过灵活的屏幕操作演示化合物立体模型，动态、直观地展示物质结构和性质，克服以往只能依靠想象学习有机化学这一障碍，提高学生的学习兴趣；另一方面，通过教学大纲和计算实例的结合应用，使计算机分子模拟和反应机理更加容易理解，提高学生的有机化学理论水平和实践能力，收到良好的教学效果。
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