多重PCR引物设计提出了几个挑战，其中包括引物二聚体、不能分离具有类似的电泳迁移率的扩增子以及由于非特异性结合非靶标DNA模板导致的引导错误。PrimerPlex使用专有算法，在超过100个序列的均匀反应条件下设计更优多重引物集。在池中筛选所有引物后，识别引物集合，并更大限度地减少Tm失配，以确保特定的放大和高信号强度。在这个过程中，它在几秒钟内分析了数百万个可能的多重引物集，并给出了一个备用集合的列表。您可以在设计的引物对中指定最小产品尺寸差异，以更好地可视化凝胶上的条带。为了保证引物特异性，引物可以从PrimerPlex对NCBI中任何可用的基因组数据库进行BLAST搜索。

对于SNP的基因型研究，PrimerPlex设计了SNP的旁侧引物。其结果包括每个DNA模板的引物对，包括产品尺寸、退火温度等物理化学寡聚物性能。此外，二级结构的图形显示也可用以帮助确定它们是否会阻碍反应。

多重PCR检测用于基因表达分析（使用凝胶电泳的终点检测），用于高通量SNP应用，如基因分型，用于下一代测序所需的目标浓缩、病原体检测、菌株分型和单倍型分型。PrimerPlex还设计了更优等位基因特异性捕捉探针和Allele Specific Primer Extension (ASPE)引物用于高通量SNP基因型分析。

功能
多重SNP检测和高通量基因型
使用PrimerPlex，您可以设计SNP在旁侧的多重PCR引物、SNP在3’末端的ASPE引物以及SNPs在中心的捕获探针。PrimerPlex使您能够通过它们中每一个设计oligo，来检测一个中等大小的基因组序列的所有突变。检查这些引物和探针以进行复用，并显示更佳可能的集合。

多重PCR引物设计
设计用于多重分析的引物集可能是一项具有挑战性的任务。PrimerPlex使用创新的和专有的算法来设计更优的多重引物集，更大限度地减少Tm失配所有的集合进行交叉反应分析，以确保特定和有效的扩增。您可以从一系列交替呈现的各种排序顺序中选择最适合您的实验需求的集合。使用PrimerPlex，您可以灵活地设计引物，无论是朝向3’端，还是5’端，在这些端点的指定距离或序列内的任何地方。

对于SNP的基因型分析，该程序设计了引物旁侧突变，如SNPs、DIPs（删除/插入多态性）和MNPs（多核苷酸多态性）。

全面的分析支持
使用PrimerPlex为多重PCR、ASPE和直接杂交分析设计oligos。oligos被筛选为交叉反应性，以确保高信号强度，更大限度地减少Tm失配。oligos筛选二聚体、运行和重复。

下一代测序分析
使用PrimePlex设计多重oligos，用于预先测序的样品制备和突变检测，如SNPs，DIPs（删除/插入多态性）和MNPs（多核苷酸多态性），就像点击几个按钮一样简单。
引物特异性
程序BLAST搜索在单个搜索运行中搜索多个序列。结果会自动解释，并在引物设计中避免识别出现的同源性，从而确保设计是高度特异的。

评估预设计的引物和探针
PrimerPlex可以使用预先设计的经过验证的oligos来构建复用集。在为每个序列指定了oligo之后，对它们的属性进行分析，并为发现的任何偏差提醒用户。对于预先设计的oligos不可用的序列，PrimerPlex设计它们，检查它们是否复用，并强调兼容性问题。然后用户可以决定接受这个设计或者创建一个单独的池。这个功能在用户的手中提供了完全的控制。

添加MagPlex TAGs
该程序现在还支持一个MagPlex TAGs的数据库，以及MicroPlex xTAGs（以前称为FlexMAP TAGs），用于自动向每个ASPE引物添加适当的标签。标签是这样选择的，它们使二聚化最小化，并且不折叠在它们所附着的oligo上。此外，用户可以覆盖程序的建议，并自己选择标签。如果标签不是的，或者选择的标签与oligo不兼容，PrimerPlex会向用户发出警报。