MES系统的实施与其他信息系统的实施一样需要按照信息系统项目管理的要求进行，其工作重点是明确项目范围、形成项目团队、确定项目需求、合理选择供应商、有计划组织实施及实施上线后的定期评估及持续优化等。

然而，现在企业在实施MES时仍然存在一些难点，具体如下：

1、知识短板，形成心理障碍

当前制造企业实施MES系统的人才有两类：一类是传统的IT人员，另一类是工控人员（或设备管理员）。由于MES是一个专业交叉性很强的综合项目，而这两类人员因为只是结构上存在差异（IT人员不熟悉设备、控制等；工控人员不熟悉IT），因此无论由谁来主导，在MES项目实施前均存在一定的心理障碍，即使有的企业在实施mes的过程中将这两类人才整合为一个项目组，如果双方缺乏合理的沟通机制，在理解上往往会出现偏差。

2、个性强，涉及企业最核心业务

由于MES的实施必然会涉及制造企业最核心的业务——生产，且个性化非常强，因此企业在实施mes时慎之又慎，往往采取保守策略，毕竟生产线是经不起折腾的。

3、前期信息化实施矛盾集中体现

企业实施mes的动力来源于前期信息化项目，尤其是ERP项目实施应用相对较好的客户，在ERP深化应用过程中，发现仅靠ERP系统并不能很好地解决生产管理问题（如信息及时反馈、质量管理、高级计划排程等）。希望通过MES解决之前ERP项目中遇到的问题。另外，mes的定位是制造执行系统，不少人认为是抓住了“救命稻草”，希望通过MES解决所有涉及生产管理的问题。

4、系统庞大，谁先谁后缺乏认识

MES是一个庞大的系统，模块与模块之间的逻辑关系如何、先实施哪块、后实施哪块、实施的前提是什么？是非常复杂的。

5、MES与ERP之间边界不清楚

MES在功能的描述上很多与ERP一样，在功能上也存在一定的重叠、交叉，那么mes真正的内涵、外延如何？与ERP之间的边界如何界定？在没有对两个系统深入研究前，很难做出界定。

6、供应商关注重点各不相同

各mes供应商因进入该领域的背景不同，其关注点也不同。很多功能似乎都是企业需要的，但如何选择适合自己的，给企业选型决策带来了困难。